No Brasil, com exceção da Junta Comercial de Alagoas, todas as demais são autarquias estaduais, o que lhes conferem mais autonomia administrativa, financeira, patrimonial e de funcionamento. Em nosso Estado, ela nunca chegou a constituir-se como tal, sendo sempre uma repartição pública pertencente à administração direta - atualmente à Secretaria de Desenvolvimento Econômico, Ciência e Tecnologia –Sdect -.
Uma importante discussão que acompanha a história das Juntas Comerciais diz respeito à questão de sua federalização. As evoluções históricas indicam que os órgãos de registro sempre foram considerados “ramos da administração da justiça”, subordinadas, a um só tempo, a duas legislações, a federal e a estadual. Em 1962 ocorreu uma tentativa de transformar as Juntas Comerciais em autarquias federais, fora dos alcances estaduais, mas a tentativa não obteve êxito.
O tema é complexo, pois, de um lado, há a necessidade de uniformização das normas e procedimentos do registro do comércio em nível nacional e, por outro, o atendimento das particularidades locais, evitando-se a centralização e a burocratização desnecessárias. Desde seus primórdios, as Juntas Comerciais tiveram este caráter duplo, de órgão federal e local ao mesmo tempo. Nesta tradição, a competência da União sempre foi no campo normativo e legislativo, e não no plano administrativo.